O curso de pós-graduação senso estrito, tanto em nível de Mestrado como de Doutorado, foi iniciado em 1971, período em que o Departamento era Chefiado pelo Prof. Dr. Sylvio de Vergueiro Forjaz. Até então, a obtenção do título de Doutor dependia da defesa de uma tese orientada por um tutor, mas não havia a exigência do acúmulo de créditos referentes ao atendimento a um curso formal. Com a mudança, na nova modalidade de ensino, buscava-se a formação de docentes baseada não apenas na preparação pedagógica, mas, sobretudo, na preparação do pesquisador. Tanto as disciplinas ministradas, quanto as dissertações e teses desenvolvidas estão relacionadas diretamente com as linhas de pesquisa do docente orientador.

Esta relação tem proporcionado, sobretudo nos últimos três anos, melhor eficiência de formação do aluno nas disciplinas ministradas, e também melhor preparação do pesquisador durante as fases de desenvolvimento da investigação, quer clínica quer experimental. Com recursos conseguidos por alguns docentes do programa, junto às agências de fomento, tem-se conseguido infra-estrutura necessária para se oferecer as condições próximas do ideal para o trabalho do pós-graduando e do docente.

O programa de pós-graduação do departamento foi recentemente re-estruturado, não só para acompanhar a evolução que vem ocorrendo na área de conhecimento como também para se adequar à reestruturação departamental que criou o Departamento de Cirurgia e Anatomia. A reestruração incluiu, na área de concentração em Clínica Cirúrgica, a criação de duas opções distintas: Cirurgia e Morfologia e Medicina Experimental.

Novos orientadores foram credenciados na área com um perfil mais apropriado para a segunda opção, ampliando também a oferta de laboratórios para desenvolver as dissertações e teses e ampliando o campo da pesquisa no departamento. Desde então, o departamento concluiu a formação de 242 Mestres e 244 Doutores e nos últimos 04 anos houve 71 titulações (37 mestrados e 34 doutorados), que se encontram espalhados por todo o território nacional.

A pós-graduação, além de contribuir para a melhora da qualificação do corpo docente atuante no país, também estimulou a pesquisa em âmbito departamental.