O Programa de Pós-Graduação em Clínica Cirúrgica teve início em 1971, atualmente é apenas stricto sensu e oferece cursos em nível de mestrado doutorado. Em seus primórdios priorizava o desenvolvimento da alta especialização técnica nas subáreas cirúrgicas, incluindo a cirurgia experimental. Todavia, com seu amadurecimento, o programa passou a ser oferecido aos especialistas médicos e não médicos com o objetivo de proporcionar formação acadêmica, visando sobretudo a capacitação em pesquisa com abordagem translacional na área cirúrgica. A incorporação da área de Anatomia no Departamento de Cirurgia ajudou substancialmente na implementação da visão translacional da pesquisa.

Atualmente existem onze linhas de pesquisa relativas as áreas de atuação dos orientadores do programa. Estas linhas estão distribuídas em duas áreas de concentração: “Cirurgia”, que envolve projetos de pesquisa e inovação relacionados às atividades clínico-cirúrgicas, com ênfase na análise crítica de aspectos do acesso, processos diagnósticos e terapêuticos, e a “Morfologia e Medicina Experimental”, na qual predominam os projetos experimentais e também estudos envolvendo tecidos, fluídos corporais humanos e animais, mas desenvolvidos principalmente por pesquisadores não-médicos. Esse arranjo tem possibilitado uma boa interação entre a ciência aplicada e a ciência básica com benefícios para a qualidade das pesquisas. No ano de 2020, devido a presença de profissionais que atuam no setor de terapia intensiva, que é vinculado ao Departamento de Cirurgia e Anatomia, foi criada uma nova linha de pesquisa, “Avaliação e Cuidados do Paciente Crítico”. Esta linha comtempla a interface das áreas cirúrgicas com o paciente crítico, assim como a busca da sociedade por melhores cuidados do paciente grave, como na pandemia pelo COVID.