El Programa de Posgrado en Cirugía Clínica comenzó en 1971, actualmente solo es stricto sensu y ofrece cursos de maestría y doctorado. En sus inicios daba prioridad al desarrollo de alta especialización técnica en las subáreas quirúrgicas, incluyendo la cirugía experimental. Incluso, con su consolidación, el programa pasó a ser ofertado para especialistas médicos y no médicos, con el objetivo de proporcionar formación académica, buscando sobre todo la capacitación en investigación con la idea de la transferencia hacia el área quirúrgica. La incorporación del área de Anatomía en el Departamento de Cirugía ayudó significativamente para la implementación de la visión tangencial de la investigación. 

Actualmente, existen once líneas de investigación relativas a las áreas de actuación de los orientadores del programa. Estas líneas están distribuidas en dos áreas de concentración: “Cirugía”, que involucra proyectos de investigación e innovación relacionados con las actividades clínico-quirúrgicas, con énfasis en el análisis crítico de aspectos de acceso, procesos diagnósticos y terapéuticos, y la “Morfología y Medicina Experimental”, en la que predominan los proyectos experimentales y también los estudios que involucran tejidos, fluidos corporales humanos y animales, pero desarrollados principalmente por investigadores que no son médicos. Este convenio ha posibilitado una buena interacción entre la ciencia aplicada y la ciencia básica, con beneficios en la calidad de las investigaciones. En el año 2020, debido a la presencia de profesionales que trabajan en el sector de terapia intensiva, vinculado al Departamento de Cirugía y Anatomía, se creó una nueva línea de investigación: “Evaluación y Cuidados del Paciente Crítico”. Esta línea contempla la interfaz de las áreas quirúrgicas con el paciente crítico, así como el deseo de la sociedad por mejorar los cuidados de pacientes graves, como en la pandemia por el COVID.